End of Evangelion es una película de anime japonesa que sustituye a los dos últimos capítulos de Neon Genesis Evangelion. El final de dicha serie disgustó a un amplio sector de los seguidores, que se quejaron por la cantidad de incógnitas sin resolver y asuntos sin concluir en la trama, y por lo excesivamente filosófico del último episodio. Eso dio lugar a que se realizaran dos películas Evangelion: Death and Rebirth, (recopilatorio y resumen de la serie), y esta misma, para completar respectivamente a los capítulos 25 y 26, y así contentar a los fans.
Durante la emisión de la película, se ofreció por la módica cantidad de 800 yenes The Red Cross Book hecho especialmente por Gainax para justificar el por qué de estas dos películas (además de contener las respuestas a varias dudas que quedaron sin resolver a lo largo de la serie).
EL FILME A GRANDES RAZGOSShinji se culpa por la muerte de Kaworu frente a un devastado Tokyo-3. Mientras tanto, Gendo y Fuyutsuki se oponen al "Programa de Complementación Humana" que SEELE quiere poner en marcha, pero SEELE decide prescindir de ellos, y los aparta del proyecto.
Shinji visita a Asuka en el hospital, donde se encuentra, en depresion y desnutrición debido al ataque de Arael, y le pide que lo ayude. La chica no reacciona, a pesar de que Shinji la zarandea y le grita. Al zarandearla la blusa se abre y queda al descubierto sus senos, al verla Shinji se excita y comienza a masturbarse, eyaculando al momento. por lo que el se da asco así mismo.
Misato hackea la computadora de NERV y se encuentra con que se ha descubierto que la humanidad ya no puede evolucionar más, y que la única forma de que el hombre sea perfecto es mediante el Tercer Impacto: para ello se creó el "Programa de Complementación Humana". También descubre que los seres humanos son descendientes de Lilith, y que son el décimo octavo ángel.
SEELE trata de introducir un virus informático en la terminal central de NERV, pero Gendo libera a Ritsuko y ésta, mediante el programa protector 666, logra aislar el sistema. SEELE decide entonces atacar de una manera más directa, haciendo que el gobierno japonés invada militarmente el Geofront diciendo que NERV pretende provocar el Tercer Impacto.
Una vez las tropas japonesas han penetrado en el complejo, Misato ordena que Asuka sea llevada dentro del EVA-02 y sea lanzada a la superficie, quedando ésta bajo el lago del Geofront.
Misato consigue encontrar a Shinji, llegando justo a tiempo para evitar que tres soldados lo maten. Pretende llevarlo al hangar del EVA-01, pero como el chico se niega, lo obliga a ello.
Mientras tanto, Asuka, ya en el EVA-02, sostiene una lucha interior, de la que saca la conclusión de que no desea morir. Una vez despierta del coma, comienza a pelear contra las fuerzas japonesas, las cuales sólo poseen armas convencionales, por lo que las derrota fácilmente. Al ver SEELE que no podrían destruir así al EVA-02, deciden cortar el cable de energía del EVA-02, dejándola con sólo cinco minutos de autonomía, y envían a los EVAS del 05 a 13 (también llamados EVAS EN SERIE), que a diferencia de los EVAS del Geofront, no necesitan ni fuente externa de energía, ni piloto humano.
Misato y Shinji han llegado hasta la entrada al ascensor que le llevará hasta el EVA-01. Él no quiere subir, y ella trata de convencerle. En ese momento unos soldados disparan a Misato, la cual convence a Shinji de que suba con beso de "adultos" y prometiéndole que si regresa tendrán relaciones sexuales, y que como es su deber de proteger a la humanidad, ha de subir al EVA-01. Él entra en el ascensor, y poco después Misato muere,usualmente se dice que fue debido a las heridas de bala,pero algunas centesimas de segundo antes,un fantasma de Rei (III) aparece frente a ella tomando la apariencia de Kaji (se da a entender por lo que dice Misato) y la transforma en LCL,recogiendo su alma,justo antes de la explosion del elevador.
La SERIE EVA aterriza alrededor del EVA-02 y Asuka calcula que tiene el tiempo necesario para destruir a todos ellos. Se lanza a pelear de una forma salvaje y rápida, mutilando a todos los EVAS. Uno de ellos se lanza con su arma contra Asuka, que pretende pararla con su campo AT. Aunque parece que ha ganado antes de que se le acabe el tiempo, Sin embargo, en el último momento ese arma se convierte en una Lanza de Longinus, única arma física que puede atravesar dicho campo. Es alcanzada por ésta, que le atraviesa el ojo izquierdo. Dada la sincronización entre EVA y piloto, el dolor es atroz; a pesar de esto, Asuka intenta superarlo y reaccionar.Sin embargo, otras 8 lanzas caen sobre ella, impidiéndole moverse. la SERIE EVA se vuelve a levantar a pesar de su estado, y vuelven a atacar. Se abalanzan sobre ella, y como bestias, empiezan a despedazarla, dejando al EVA totalmente deshecho.
Shinji se encuentra frente al EVA-01, y aunque reticente, acaba por entrar en él.
Su ira se hace ver cuando observa que la SERIE EVA esta despedazando al EVA-02 y al imaginarse que Asuka debe estar muerta el EVA-01 reacciona, Rompe sus limitadores y libera 2 alas en forma de semi-cruz
Sin embargo, no consigue hacer nada, porque entonces aparece un enorme cruz roja en el Geofront y el EVA-01 se eleva en medio de un tornado con cuatro brillantes alas. La Lanza de Longinus (que se encontraba en la órbita lunar) repentinamente regresa a la Tierra a gran velocidad, deteniéndose frente a la garganta del EVA-01. Los EVAS EN SERIE hacen la formación del Árbol de la Vida (una figura de la cábala), dando inicio al Tercer Impacto.
Mientras tanto, Gendo se encuentra con Rei frente a Lilith, y le ordena que inicie para él el Tercer Impacto, haciéndolo uno con Lilith. Esto se debía hacer para unir al Adán, que estaba en su estado embrionario y cosido a la palma de Gendo con Lilith, lo que originaría el cataclismo. Sin embargo, Rei se queda sólo con el Adán, y se fusiona con Lilith, dando inicio al Tercer Impacto, pero no bajo la dirección de Gendo, sino con la intención de otorgarle el poder a Shinji. En ese momento Lilith se separa de la cruz en la que estaba clavada, se completa (pues le faltaban las piernas), se le cae la máscara y se convierte en un ser gigante con el aspecto de Rei.
La Lanza de Longinus atraviesa al EVA-01, a la vez que la Rei gigante (Lilith) va hacia el EVA-01. El ser adopta el aspecto de Kaworu, y Shinji entra en una especie de trance, durante el cual se muestran algunos recuerdos del chico. Al final de ellos, se encuentra en casa de Misato con ésta y Asuka. Discuten, y Shinji acaba estrangulando a Asuka. Ese es el momento culminante del Tercer Impacto: si Adán (simbolizado por Shinji) mata a Eva (simbolizada por Asuka), podrá sobrevenir una nueva era para la humanidad, en la que la compañera de Adán sería Lilith (simbolizada por Rei), y eso supondría un paso adelante para la raza humana.
Toda la tierra se cubre entonces de millones de cruces y todos los seres humanos van disolviéndose en LCL, debido a que sus campos AT, el recinto que encierra el alma, se rompe. Una a una, a todas las personas del mundo se les aparece un fantasma de Rei, que adopta formas agradables para ellos. En el momento en que los toca, su cuerpo se disuelve en el citado líquido LCL.
SEELE celebra que haya ocurrido el Tercer Impacto y uno a uno todos los monolitos van apagándose debido a que las respectivas personas que simbolizan se deshacen también. El último, Keel Lorenz, que se encuentra en forma humana, se disuelve en LCL, quedando atrás sólo los implantes artificiales que había en su cuerpo anciano.
Gendo se encuentra acostado en el lugar donde lo dejó Rei cuando ésta se unió a Lilith, y ante él aparecen su difunta esposa Yui y Kaworu. Lo último que Gendo dice es "Lo siento mucho, Shinji", antes de pasar a formar parte del Tercer Impacto.
El Eva-01 se encuentra dentro de Rei y puede ver frente a sus ojos como todas las almas van nadando. Rei le explica a Shinji sobre la vida y escenas de personas reales en Japón comienzan a aparecer: edificios, calles y gente caminando. Entonces Rei sigue hablando a Shinji. Le está dando a elegir entre la humanidad en un estado superior (objetivo del "Proyecto de Complementación Humana") en el que no hay individualidad pero la gente es feliz como parte del todo, y el mundo que conoce, con las personas separadas, cada una en sus propios cuerpos, y según ella, por ello infelices. Shinji acaba llegando a la conclusión de que es mejor los cuerpos separados, a pesar de sus defectos, y da marcha atrás al Tercer Impacto, saliendo junto a su EVA-01 de Rei, por uno de sus gigantescos ojos.
Esta última se comienza a romper por el cuello dejando salir a todas las almas, su cabeza se parte en dos y los brazos se le desprenden. El Tercer Impacto ha fracasado.
Shinji se encuentra sobre la superficie del planeta, hecha un mar de LCL, y allí está Asuka inconsciente. Él empieza a estrangularla de nuevo, pero en el momento Asuka le acaricia el rostro provocando que Shinji se arrepienta, y deja de hacerlo. Rei está observando esto como un fantasma.
La explicación de este final es que Rei, siendo mitad ángel y fusionada con Lilith, provoca el Tercer Impacto. Ella decide que la mejor persona para decidir el destino de la humanidad es Shinji, al cual da entonces a elegir. Él ha escogido, así que Rei ya no tiene cabida en el mundo. Shinji y Asuka son ahora no sólo simbólicamente, sino en la realidad, los nuevos Adán y Eva, pues son los únicos seres humanos que quedan en la Tierra por ahora. Las demas personas tienen la opción de volver a su estado original siempre y cuando ellos tengan la fuerza de voluntad para que su alma vuelva a darles forma.
