La primera mitad de la serie se alternan entre dos historias. Madlax trabajando como una agente en las fuerzas militares en la guerra divisoria Gazth-Sonika, mientras Margaret disfruta la tranquilidad de Nafrece, un país que por lo visto se encuentra en Francia. Cuando un "libro de ilustraciones" supuestamente regalado para Margaret por su difunto padre, llama la atención de la mafía internacional Enfant, ella empieza a investigar de donde venía ese libro y descubrió que había sido engañada en Gazth-Sonika.
El mejor espía de Enfant, Carrossea Doon, sigue a la deprimida Margaret pero sus superiores avisaron que tiene que seguir a Madlax, porque a Enfant en Gazth-Sonika le estaba causando muchos problemas. Mientras, Vanessa Rene, antigua tutora de Margaret, descubre que su jefe, Bookwald Industries, secretamente apoyaba la guerra civil en Gazth-Sonika suministrando armas de fuego para ambos bandos y estaba decidida a encontrar la verdadera causa de la guerra. Su investigación le llevó a Gazth-Sonika, donde Madlax es asignado a ser su guardaespaldas y juntas, descubren datos que demuestran que Enfant controló todo el conflicto. Enfant las detiene y las obliga a esconderse. Volviendo a Nafrece, Margaret decide viajar a Gazth-Sonika para ayudar a Vanessa y va con su criada Elenore Baker y con Carrossea Doon.
Eventualmente, Madlax y Margaret se encuentran y van a buscar a Quanzitta Marison, una mística Gazth-Sonika quién insinúa que conoce algo acerca del libro de Margaret, que Enfant está involucrado con eso, y con ella misma. La señorita Quanzitta informa de los planes que Enfant tiene, de que todo el mundo se sumerga en una guerra total, empezando con Gazth-Sonika. Ella revela que Friday Monday (el líder de Enfant) posee poderes sobrenaturales gracias a los tres antiguos libros sagrados, y uno de esos libro lo tiene Margaret.
Margaret usa sus propias abilidades sobrenaturales y las de su libro para recordar lo que había olvidado. Carrosea, quién había ayudado a Margaret, suplica de que sus recuerdos no le sirven de nada; él descubre que de hecho había muerto hace 12 años y que se mantenía con vida sólo por fuerza absoluta para proteger a Margaret. Carrosea desaparece y Margaret es capturada por Monday quién tiene la intención de usar los poderes de ella para completar sus propios objetivos.
Mientras que Margaret y Carrosea llevan a cabo el ritual, Madlax es atacada por sus archinémesis durante todo el espectáculo, Limelda Jorg. Limelda accidentalmente mata a Vanessa al intentar asesinar a Madlax, llevándosela por depresión. Elenore y la señorita Quanzitta y la sirvienta Nakhl llegan para restaurar el deseo de Madlax de vivir y convencerla de que salve a Margaret y juntas, destruir los tres centros de Enfant. Durante el asalto, Elenore es asesinada y Margaret, ahora bajo el control de Monday, dispara a Madlax.
Creyendo que ella había muerto, Monday comienza un ritual en el que se libera lo oculto de la gente y desencadena una anarquía mundial; pero Margaret recupera sus memorias perdidas y ella se libera de su control mental. Sólo ahora la audiencia se entera de la verdad: de regreso en 1999, Monday condujo al loco pápa de Margaret con sus poderes y ella fue forzada a matar a su propio padre. Para escapar de la horrible verdad de haber cometido parricidio, Margaret en sí misma divide en tres personas: La "cuidadora de sus memorias" Laetitia, la pecadora Madlax y la inocente Margaret. Después de la revelación, Madlax reaparece y mata a Monday, luego Margaret fusila a tres personas para deshacer el ritual que previamente estaba dirigido por Monday, salvando al mundo de la locura. Después de haber echo eso, otra vez Margaret se ve divida en tres personas, considerando que después de 12 años, ella ya no tenía que estar bien tomar decisiones para otras personas.
Un Poco de CriticaA diferencia de Noir, qué tuvo un éxito inmediato en Japón y en el extranjero a pesar de sus controvertidas opiniones acerca de él, Madlax no consiguió la misma fama que su antecesor y recibió sólo moderada (aunque tiene aprovación general) aceptación de los críticos. Madlax con frecuencia era acusada por ser secundaria y por copiar los estilos de Noir, como la premisa de la trama, el aspecto de las dos heroinas y el estilo de música. No obstante, algunas fuentes alababan a la historia por ser más monolítico y consiguiente con su predecesor, debido a que todos sus episodios y sus argumentos secundarios fueron cabalmente entrelazados y se mantienen unidos con la trama principal.
Creador Kōichi Mashimo
Episodios 26
Año 2004
